法律分析：1、環境保護行政主管部門對通過檢查發現或者接到舉報、控告、移送的環境違法行為，應予審查，并在7日內決定是否立案。

2、環境保護行政主管部門對登記立案的環境違法行為，必須指定專人負責，及時組織調查取證。執法人員調查取證時，應當向當事人或者有關人員出示行政執法證件。詢問或者調查應當制作筆錄。

3、環境保護執法人員在調查過程中，有權進入現場進行調查和取證，查閱或者復制排污單位的排污記錄和其他有關資料。環境保護行政主管部門及其執法人員應當為被調查單位或者個人保守有關技術秘密和業務秘密。

法律依據：《中華人民共和國行政處罰法》 第五十二條 執法人員當場作出行政處罰決定的，應當向當事人出示執法證件，填寫預定格式、編有號碼的行政處罰決定書，并當場交付當事人。當事人拒絕簽收的，應當在行政處罰決定書上注明。前款規定的行政處罰決定書應當載明當事人的違法行為，行政處罰的種類和依據、罰款數額、時間、地點，申請行政復議、提起行政訴訟的途徑和期限以及行政機關名稱，并由執法人員簽名或者蓋章。執法人員當場作出的行政處罰決定，應當報所屬行政機關備案。

對行政處罰行為提出爭議可以通過兩條途徑：司法途徑和行政途徑。行政途徑就是行政復議。行政復議就是指法律規定某行政機關，就其主管事項與相對一方當事人發生爭議時，根據相對一方當事人的申請，由該機關或其上級機關，對引起爭議的決定進行復查的制度。按照傳統法學的一般原理和國家機關的職能分工，裁決糾紛應當是司法機關的職能，行政機關的職能是對國家公共事務進行組織和管理，它們分別承擔不同的職能。從這個意義上說，社會生活中產生的所有糾紛，不論它是產生于公民與公民之間，還是產生于公民與行政機關之間，都應當由司法機關來進行裁決。這是法治社會的一個基本原則。但是，行政復議的存在也有其必要性。行政復議的存在全在于行政糾紛的特殊性。與其他糾紛相比較，行政糾紛的特殊性表現在以下兩個方面：第一，行政糾紛起因于行政機關的行政活動。行政機關是一個層級節制的體系，上級行政機關對下級行政機關負有指揮、監督的職責，它可以撤銷、改變下級行政機關違法、不當的行政決定。監督權是維護統一的行政所必需的。監督權的存在，一方面使行政爭議與其他糾紛相區別，另一方面也為行政復議的存在提供了可能和條件。第二，行政糾紛涉及到一定的專業技術知識。行政管理的諸多領域都涉及到專業、技術知識，如環境保護、食品衛生、醫藥管理等，在這些領域產生的行政糾紛與專業技術知識有著不可分割的聯系，因而解決這些行政糾紛也必然涉及到一系列復雜的專業技術問題。例如，排放污水元素的測定，食品添加劑中危害人體健康成分的確定等，這些問題需要由擁有專家的行政機關來進行裁決。行政機關如何審理行政復議案件呢？行政處罰法第六條規定，公民、法人或者其他組織對行政機關給予行政處罰，依法享有申辯權、質證權；對行政處罰不服的，可以依法申請行政復議或者提起行政訴訟。行政復議條例規定，公民、法人和其他組織對下列具體行政行為不服可以向行政機關申請復議：（1）對拘留、罰款、吊銷許可證和執照、責令停產停業、沒收財物等行政處罰不服的；（2）對限制人身自由或者對財產的查封、扣押、凍結等行政強制不服的等等。可以看出，公民、法人和其他組織申請行政復議的范圍包括了國家行政機關及其工作人員作出的行政處罰行為的所有方面。行政復議是行政機關裁決爭議的一種活動，復議機關依法對具體行政行為是否合法和適當進行審查。為了保證能夠客觀、公正、正確地解決爭議，行政復議必須按照一定的程序進行。從總體上看，行政復議程序應當比法院的司法程序更為簡便、靈活，更能適應行政活動的需要。行政復議一般包括復議申請、審查、審理和裁決等幾個階段。（一）申請。公民、法人或者其他組織有權在知道具體行政行為之日起15日內向管轄權的行政機關提出申請復議。因不可抗力或者其他特殊情況耽誤法定申請期限的，在障礙消除后10日內，可以申請延長期限。但是，公民、法人或者其他組織向人民法院起訴，人民法院已經受理的，不得申請復議。申請復議應當符合下列條件：（1）申請人是認為具體行政行為直接侵犯其合法權益的公民、法人或者其他組織；（2）有明確的被申請人；（3）有具體的復議請示和事實根據；（4）屬于申請復議范圍；（5）屬于受理復議機關管轄；（6）法律、法規規定的其他條件。復議申請書應當載明下列內容：（1）申請人的姓名、性別、年齡、職業、住址等（法人或者其他組織的名稱、地址、法人代表人的姓名）；（2）被申請人的名稱、地址；（3）申請復議的要求和理由；（4）提出復議申請的日期。（二）審查。復議機關應當自收到復議申請書之日起10日內，對復議申請分別作出以下處理：（1）復議申請符合規定的，應予受理；（2）復議申請不符合規定的，裁決不予受理并告之理由；（3）復議申請書未載全內容的，應當把復議申請書發還申請人，限期補正。過期不補正的，視為未申請。公民、法人或者其他組織依法提出復議申請，復議機關無正當理由拒絕受理或者不予答復的，上一級行政機關或者法律、法規規定的行政機關應當責令其受理或者答復。法律、法規規定應當先向行政機關申請復議，對復議不服再向人民法院提起訴訟的，申請人對復議機關不予受理的裁決不服，可以在收到不予受理裁決書之日起15日內，向人民法院起訴。（三）審理。行政復議實行書面復議制度，但復議機關認為有必要時，可以采取其他方式審理復議案件。復議機關應當在受理之日起7日內將復議申請書副本發送被申請人。被申請人應當在收到復議申請書副村之日起10日內，向復議機關提交作出具體行政行為的有關材料或者證據，并提出答辯書。逾期不答辯的，不影響復議。復議機關應當在收到復議申請書之日起兩個月內決定。（四）裁決。復議機關經過審理，分別作出以下復議決定：1、具體行政行為適用法律、法規、規章和具有普遍約束力的決定、命令正確，事實清楚，符合法定權限和程序的，決定維持；2、具體行政行為有程序上不足的，決定被申請人補正；3、被申請人不履行法律、法規和規章規定的職責的，決定其在一定期限內履行；4、具體行政行為有下列情形之一的，決定撤銷、變更，并可以責令被申請人重新作出具體行政行為：（1）主要事實不清的；（2）適用法律、法規、規章和具有普遍約束力的決定、命令錯誤的；（3）違反法定程序影響申請人合法權益的；（4）超越或者濫用職權的；（5）具體行政行為明顯不當的。復議機關審查具體行政行為時，發現具體行政行為所依據的規章或者具有普遍約束力的決定、命令與法律、法規或者其他規章和具有普遍約束力的決定、命令相抵觸的，在其職權范圍內依法予以撤銷或者改變。復議機關認為具體行政行為所依據的規章或者具有普遍約束力的決定、命令與法律、法規或者其他規章和具有普遍約束力的決定、命令相抵觸，而復議機關又無權處理的，向其上級行政機關報告。上級行政機關有權處理的，依法予以處理；上級行政機關無權處理的，提請有權機關依法處理。處理期間，復議機關停止對本案的審理。復議機關作出復議決定，應當制作復議決定書。復議決定書應當載明下列事項：（1）申請人的姓名、性別、年齡、職業、住址（法人或者其他組織的名稱、地址、法定代表人的姓名）；（3）申請復議的主要請求和理由；（4）復議機關認定的事實、理由，適用的法律、法規、規章和具有普遍約束力的決定、命令；（5）復議結論；（6）不服復議決定向人民法院起訴的期限，或者終局的復議決定，當事人履行的期限；（7）作出復議決定的年、月、日。

《中華人民共和國行政復議法》第九條公民、法人或者其他組織認為具體行政行為侵犯其合法權益的，可以自知道該具體行政行為之日起六十日內提出行政復議申請；但是法律規定的申請期限超過六十日的除外。因不可抗力或者其他正當理由耽誤法定申請期限的，申請期限自障礙消除之日起繼續計算。

公民、法人或者其他組織認為地方環境保護行政主管部門的具體行政行為侵犯其合法權益的，可以向該部門的本級人民政府申請行政復議，也可以向上一級環境保護行政主管部門申請行政復議。認為國務院環境保護行政主管部門的具體行政行為侵犯其合法權益的，向國務院環境保護行政主管部門提起行政復議。
環境保護行政主管部門辦理行政復議案件，適用本辦法。 依法履行行政復議職責的環境保護行政主管部門為環境行政復議機關。環境行政復議機關負責法制工作的機構（以下簡稱環境行政復議機構），具體辦理行政復議事項，履行下列職責：
（一）受理行政復議申請；
（二）向有關組織和人員調查取證，查閱文件和資料；
（三）審查被申請行政復議的具體行政行為是否合法與適當，擬定行政復議決定；
（四）按照職責權限，督促行政復議申請的受理和行政復議決定的履行；
（五）處理或者轉送本辦法第二十九條規定的審查申請；
（六）辦理行政復議法第二十九條規定的行政賠償等事項；
（七）辦理或者組織辦理本部門的行政應訴事項；
（八）辦理行政復議、行政應訴案件統計和重大行政復議決定備案事項；
（九）研究行政復議工作中發現的問題，及時向有關機關提出改進建議，重大問題及時向環境行政復議機關報告；
（十）法律、法規和規章規定的其他職責。 依照行政復議法和行政復議法實施條例規定申請行政復議的公民、法人或者其他組織為申請人。
同一環境行政復議案件，申請人超過5人的，推選1至5名代表參加行政復議。 公民、法人或者其他組織對環境保護行政主管部門的具體行政行為不服，依法申請行政復議的，作出該具體行政行為的環境保護行政主管部門為被申請人。
環境保護行政主管部門與法律、法規授權的組織以共同名義作出具體行政行為的，環境保護行政主管部門和法律、法規授權的組織為共同被申請人。環境保護行政主管部門與其他組織以共同名義作出具體行政行為的，環境保護行政主管部門為被申請人。
環境保護行政主管部門設立的派出機構、內設機構或者其他組織，未經法律、法規授權，對外以自己名義作出具體行政行為的，該環境保護行政主管部門為被申請人。 有下列情形之一的，公民、法人或者其他組織可以依照本辦法申請行政復議：
（一）對環境保護行政主管部門作出的查封、扣押財產等行政強制措施不服的；
（二）對環境保護行政主管部門作出的警告、罰款、責令停止生產或者使用、暫扣、吊銷許可證、沒收違法所得等行政處罰決定不服的；
（三）認為符合法定條件，申請環境保護行政主管部門頒發許可證、資質證、資格證等證書，或者申請審批、登記等有關事項，環境保護行政主管部門沒有依法辦理的；
（四）對環境保護行政主管部門有關許可證、資質證、資格證等證書的變更、中止、撤銷、注銷決定不服的；
（五）認為環境保護行政主管部門違法征收排污費或者違法要求履行其他義務的；
（六）認為環境保護行政主管部門的其他具體行政行為侵犯其合法權益的。 有下列情形之一的，環境行政復議機關不予受理并說明理由：
（一）申請行政復議的時間超過了法定申請期限又無法定正當理由的；
（二）不服環境保護行政主管部門對環境污染損害賠償責任和賠償金額等民事糾紛作出的調解或者其他處理的；
（三）申請人在申請行政復議前已經向其他行政復議機關申請行政復議或者已向人民法院提起行政訴訟，其他行政復議機關或者人民法院已經依法受理的；
（四）法律、法規規定的其他不予受理的情形。 行政復議期間，環境行政復議機構認為申請人以外的公民、法人或者其他組織與被審查的具體行政行為有利害關系的，可以通知其作為第三人參加行政復議。
行政復議期間，申請人以外的公民、法人或者其他組織與被審查的具體行政行為有利害關系的，可以向環境行政復議機構申請作為第三人參加行政復議。 申請人、第三人可以委托1至2名代理人參加環境行政復議。
申請人、第三人委托代理人的，應當向環境行政復議機構提交由委托人簽名或者蓋章的書面授權委托書。授權委托書應當載明委托事項、權限和期限。公民在特殊情況下無法書面委托的，可以口頭委托，說明委托事項、權限和期限，由環境行政復議機構核實并記錄在卷。
委托人變更或者解除委托的，應當書面告知環境行政復議機構。 公民、法人或者其他組織認為環境保護行政主管部門的具體行政行為侵犯其合法權益的，可以自知道該具體行政行為之日起60日內提出行政復議申請；但是法律規定的申請期限超過60日的除外。
因不可抗力或者其他正當理由耽誤法定申請期限的，申請期限自障礙消除之日起繼續計算。 申請人書面申請行政復議的，可以采取當面遞交、郵寄或者傳真等方式提交行政復議申請書及有關材料。以傳真方式提交的，應當及時補交行政復議申請書原件及有關材料，審查期限自收到行政復議申請書原件及有關材料之日起計算。
申請人口頭申請的，應當由本人向環境行政復議機構當面提起，環境行政復議機構應當當場制作口頭申請行政復議筆錄，并由申請人核對后簽字確認。 行政復議申請書和口頭申請行政復議筆錄應當載明下列事項：
（一）申請人基本情況，包括：公民的姓名、性別、年齡、工作單位、住所、身份證號碼、郵政編碼、聯系電話，法人或者其他組織的名稱、住所、郵政編碼、聯系電話和法定代表人或者主要負責人的姓名、職務；
（二）被申請人的名稱；
（三）行政復議請求，申請行政復議的主要事實和理由；
（四）申請人簽名或者蓋章；
（五）申請行政復議的日期。 有下列情形之一的，申請人應當提供相應證明材料：
（一）認為被申請人不履行法定職責的，提供曾經要求被申請人履行法定職責而被申請人未履行的證明材料；
（二）申請行政復議日期超過法律、法規規定的行政復議申請期限的，提供因不可抗力或者其他正當理由耽誤法定申請期限的證明材料；
（三）申請行政復議時一并提出行政賠償請求的，提供受具體行政行為侵害而造成損害的證明材料；
（四）法律、法規規定需要申請人提供證據材料的其他情形。 環境行政復議機關收到行政復議申請后，應當在5個工作日內進行審查，并分別作出如下處理：
（一）對符合行政復議法、行政復議法實施條例及本辦法第七條規定、屬于行政復議受理范圍且提交材料齊全的行政復議申請，應當予以受理；
（二）對不符合行政復議法、行政復議法實施條例及本辦法規定的行政復議申請，決定不予受理，制作不予受理行政復議申請決定書，送達申請人；
（三）對符合行政復議法、行政復議法實施條例及本辦法規定，但是不屬于本機關受理的行政復議申請，應當制作行政復議告知書送達申請人；申請人當面向環境行政復議機構口頭提出行政復議的，可以口頭告知，并制作筆錄當場交由申請人確認。
錯列被申請人的，環境行政復議機構應當制作行政復議告知書告知申請人變更被申請人。 行政復議申請材料不齊全或者表述不清楚的，環境行政復議機構可以在收到該行政復議申請之日起5個工作日內，發出補正行政復議申請通知書，一次性告知申請人應當補正的事項及合理的補正期限。
補正申請材料所用時間不計入行政復議審理期限。申請人無正當理由逾期不補正的，視為申請人放棄行政復議申請。 被申請人應當自收到行政復議答復通知書之日起10日內提出行政復議答復書，對申請人的復議請求、事實及理由進行答辯，并提交當初作出被申請復議的具體行政行為的證據、依據和其他有關材料。
被申請人無正當理由逾期未提交上述材料的，視為該具體行政行為沒有證據、依據，環境行政復議機關應當制作行政復議決定書，依法撤銷該具體行政行為。 申請人、第三人可以查閱被申請人提出的書面答復和有關材料。除涉及國家秘密、商業秘密或者個人隱私外，環境行政復議機關不得拒絕，并且應當為申請人、第三人查閱有關材料提供必要條件。
申請人、第三人不得涂改、毀損、拆換、取走、增添所查閱的材料。 環境行政復議機構進行調查取證時，可以查閱、復制、調取有關文件和資料，向有關人員詢問，必要時可以進行現場勘驗。
調查取證時，環境行政復議人員不得少于2名，并應出示有關證件。調查結果應當制作筆錄，由被調查人員和環境行政復議人員共同簽字確認。
行政復議期間涉及專門事項需要鑒定、評估的，當事人可以自行委托鑒定機構進行鑒定、評估，也可以申請環境行政復議機構委托鑒定機構進行鑒定、評估。鑒定、評估費用由當事人承擔。
現場勘驗、鑒定及評估所用時間不計入行政復議審理期限。 有下列情形之一的，環境行政復議機關可以按照自愿、合法的原則進行調解：
（一）公民、法人或者其他組織對環境保護行政主管部門行使法律、法規規定的自由裁量權作出的具體行政行為不服申請行政復議的；
（二）當事人之間的行政賠償或者行政補償糾紛。
當事人經調解達成協議的，環境行政復議機關應當制作行政復議調解書。調解書應當載明行政復議請求、事實、理由和調解結果，并加蓋環境行政復議機關印章。行政復議調解書經雙方當事人簽字，即具有法律效力。
調解未達成協議或者調解書生效前一方反悔的，環境行政復議機關應當及時作出行政復議決定。 申請人在行政復議決定作出前自愿撤回行政復議申請的，經環境行政復議機構同意后可以撤回。
申請人撤回行政復議申請的，不得再以同一事實和理由提出行政復議申請。但是，申請人能夠證明撤回行政復議申請違背其真實意思表示的除外。 行政復議期間有下列情形之一，影響行政復議案件審理的，行政復議中止：
（一）作為申請人的自然人死亡，其近親屬尚未確定是否參加行政復議的；
（二）作為申請人的自然人喪失參加行政復議的能力，尚未確定法定代理人參加行政復議的；
（三）作為申請人的法人或者其他組織終止，尚未確定權利義務承受人的；
（四）作為申請人的自然人下落不明或者被宣告失蹤的；
（五）申請人、被申請人因不可抗力，不能參加行政復議的；
（六）案件涉及法律適用問題，需要有權機關作出解釋或者確認的；
（七）案件審理需要以其他案件的審理結果為依據，而其他案件尚未審結的；
（八）其他需要中止行政復議的情形。
行政復議中止的原因消除后，應當及時恢復行政復議案件的審理。
環境行政復議機構中止、恢復行政復議案件的審理，應當制作中止行政復議通知書、恢復審理通知書，告知有關當事人。 行政復議期間有下列情形之一的，行政復議終止：
（一）申請人要求撤回行政復議申請，環境行政復議機構準予撤回的；
（二）作為申請人的自然人死亡，沒有近親屬或者其近親屬放棄行政復議權利的；
（三）作為申請人的法人或者其他組織終止，其權利義務的承受人放棄行政復議權利的；
（四）申請人與被申請人依照本辦法第二十四條的規定，經行政復議機構準許達成和解的；
依照本辦法第二十七條第一款第（一）項、第（二）項、第（三）項規定中止行政復議，滿60日行政復議中止的原因仍未消除的，行政復議終止。 申請人在申請行政復議時，要求環境行政復議機關一并對被申請復議的具體行政行為所依據的有關規定進行審查的，或者環境行政復議機關在對被申請復議的具體行政行為進行審查時，認為其依據不合法，環境行政復議機關有權處理的，應當在30日內依法處理；無權處理的，應當在7個工作日內制作規范性文件轉送函，按照法定程序轉送有權處理的行政機關依法處理。
申請人在對具體行政行為提出行政復議申請時尚不知道該具體行政行為所依據的規定的，可以在環境行政復議機關作出行政復議決定前向環境行政復議機關提出對該規定的審查申請。 行政復議期間具體行政行為不停止執行；但是有行政復議法第二十一條規定情形之一的，可以停止執行。
決定停止執行的，環境行政復議機關應當制作停止執行具體行政行為通知書，送達當事人。 有下列情形之一的，環境行政復議機關應當決定駁回行政復議申請，并制作駁回行政復議申請決定書，送達當事人：
（一）申請人認為環境保護行政主管部門不履行法定職責申請行政復議，環境行政復議機關受理后發現該部門沒有相應法定職責或者在受理前已經履行法定職責的；
（二）受理行政復議申請后，發現該行政復議申請不符合行政復議法和行政復議法實施條例規定的受理條件的。
上級環境保護行政主管部門認為環境行政復議機關駁回行政復議申請的理由不成立的，應當責令其恢復審理。 被申請人應當履行行政復議決定。被申請人不履行或者無正當理由拖延履行的，環境行政復議機關應當責令其限期履行，制作責令履行行政復議決定通知書送達被申請人，并抄送申請人和第三人。
被申請人對行政復議決定有異議的，可以向環境行政復議機關提出意見，但是不停止行政復議決定的履行。 環境行政復議機關應當建立行政復議案件和行政應訴案件統計制度，并依照國務院環境保護行政主管部門有關環境統計的規定向上級環境保護行政主管部門報送本行政區的行政復議和行政應訴情況。
下級環境行政復議機關應當及時將重大行政復議決定報上級行政復議機關備案。 本辦法有關行政復議期間的規定，除注明5個工作日、7個工作日（不包含節假日）的，其他期間按自然日計算。
期間開始之日，不計算在內。期間屆滿的最后一日是節假日的，以節假日后的第一日為期間屆滿的日期。期間不包括在途時間，行政復議文書在期滿前交郵的，不算過期。 依照民事訴訟法的規定，送達行政復議文書可以采取直接送達、留置送達、委托送達、郵寄送達、轉交送達、公告送達等方式。
環境行政復議機構送達行政復議文書必須有送達回證并保存有關送達證明。 本辦法自發布之日起施行。2006年12月27日原國家環境保護總局發布的《環境行政復議與行政應訴辦法》同時廢止。