一般來講，付款憑證聯是付款后作為支付憑證的附件，而結算憑證和回執聯則都記錄該款項還款的情況，不同的是結算憑證是公司留底，一般在作為最后一次結算該借款憑證的附件，而回執是員工留底作為結算和清賬的憑證。
借款時將第三聯付款聯作為支付憑證的附件；第一聯給借款人保存，每次還款時在上面作記錄，在清賬后可以替代收據。第二聯結算聯由會計保存，每次還款時由會計在上面作和回執聯同樣的記錄，在最后一次還清時附在清賬的憑證后。

借款單是企業的內部自制憑證，主要是員工出差、零星采購借款時使用，注意其限于內部使用，一些企業往往擴大其使用范圍，如一些施工企業總承包時的分包隊伍向其借款或預支費用時，由于這些分包商許多只是掛靠在一些建筑公司名下的民工隊，沒有專業的會計人員和會計體系，總承包企業有時就讓其使用企業內部的借款單借款，實際這種行為存在隱患，使企業與企業之間的資金往來變成了企業與私人這間的往來，一旦出現糾紛在法律上的性質就不同了。正確的做法是由對方開具收據，加蓋當初簽訂分包合同單位的公章。
內部借款單由內部人員借款時填寫，但借款人在交款或沖賬時，財務部門一般是不會退回原來的借款單的，因為借款單已入了賬，作為原始憑據附在記賬憑證之后。所以如果是直接交款沖賬，財務部門應當向交款人開具一份收據，如果報銷沖賬時，應當出具一份借款沖銷憑據，我過去采用過一種較簡便的方法，利用會計軟件，多打印一張沖賬的記賬憑證，由會計簽名，省略了借款沖銷憑據的填制。有的企業財務部門控制不嚴，往往借款人報銷沖賬時不給報銷人出具任何憑據，借款人的欠賬是否真的沖銷了只有憑財務人員的良心。如果你是借款人，在報銷沖賬時財務部不給與你憑據，你最好麻煩點，先報銷不沖賬，然后交現金讓出納給你開收據。