股東轉讓出資后，可能出現股東名冊與公司記載之間不一致的情況，對此公司應當及時辦理變更登記，保持股東名冊與公司登記之間的一致性。如果沒有經過登記，或者沒有及時辦理變更登記，則不得對抗第三人，即第三人通過受讓出資等方式成為公司股東并記載于股東名冊后，如果沒有在公司登記機關辦理相關登記的，不能主張該第三人的股東資格無效。
　　有人認為股權轉讓的生效時間應從辦理工商變更登記之日起生效，依據是國家工商局在《關于股權轉讓有關問題的答復》(工商企字[2000]第262號)“股東轉讓股權，出讓人與受讓人簽訂轉讓協議后，受讓人直接支付出讓人已繳付的出資額，不必再向公司重新入資，經公司變更登記后成為公司股東”的規定。
　　依據這一規定認定股權轉讓的生效時間是不妥的，理由有二：
　　1、股權轉讓是當事人之間依雙方的約定而產生的民事法律行為，是雙方之間訂立的合同，根據我國《合同法》第四十四條和最高人民法院《關于適用〈合同法〉若干問題的解釋》第四條的規定，只有法律、行政法規才有權規定合同應當辦理批準、登記手續后生效。現在在我國立法中，還沒有有限責任公司股東轉讓股權，要在辦理工商變更登記手續后才能生效的規定，國家局的文件不是法律、行政法規。
　　2、國家局的《關于股權轉讓問題的答復》規定與新《公司法》第三十三條第二款的規定即“記載于股東名冊的股東，可以依股東名冊行使股東權利” 相悖，根據法律文件的位階和新舊，現在應不予執行。

依據我國《合同法》第45條的規定，當事人對合同的效力可以約定附條件。附生效條件的合同，自條件成就時生效。附解除條件的合同，自條件成就時失效。當事人為自己的利益不正當地阻止條件成就的，視為條件已成就；不正當地促成條件成就的，視為條件不成就。