是的，屬于委托研發，并且你們擁有知識產權，軟件公司只是委托開發商，幫你技術開發而已。

研發支出！
具體成本根據軟件開發協議合同等，確定后更加項目預算，再通過財務會計核算，納入項目開發成本。
法律條文可根據采購法，合同法等。
具體扣除多少，這個各個公司不一樣的。

按什么開票？看你們是否符合四技收入（技術轉讓、技術開發、技術咨詢、技術服務）的確認條件，如果符合，可以享受營業稅、所得稅的優惠政策。如果不符合，按普通銷售開票。
軟硬件的成本如何核算，人工成本怎么算？
按企業成本核算方式進行賬務處理，可以增加設置一些有自身特點的明細科目。如生產成本，下面設置原材料（硬件成本）、工資（人工費）、專利費（軟件成本）等等

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看委托雙方怎么約定的，最好以
合同形式
簽訂下來，約定不成的，權利最終為開發者。

雙方的口頭約定也沒有效力，一定要是在開發前簽訂合同，明確歸屬權是誰的。

我國《專利法》規定了專利權的合理使用里面有一條，就是為了開發和研究新的技術而使用，是可以使用別人的專利的，如果用途僅用于研究當然不用支付專利使用費。但是開發后，用于商業盈利等等，就必須正對該專利權人的同意，支付一定的使用費，如果對方不正當理由而不同意，而你的新的專利（你的新的發明可以申請專利的話）的實施又是建立在實施對方專利的基礎上時，可以申請專利的強制許可，你支付合理使用費即可。這是理論上的。
實踐上，如果對方沒有申請專利，那么法律不會保護其技術！你就盡管用吧。還有一種情況是，對方申請了，但是專利申請是一個漫長的過程，申請后，專利技術要公示，要審查，到最后授予專利權要話一年多的時間，這期間，如果技術被別人使用，使用者還是要支付其一定的使用費。如果，你在對方申請之前已經使用該技術，那么對方申請成功后，你仍讓可以無償繼續使用該技術，但是使用的規模不得超過對方申請前自己的使用規模。
最后的最后，即使你不小心侵犯了對方的專利權，你也不用太擔心，因為我過專利法對于侵權的賠償采取的主要是損失補償的賠償原則，也就是說，你只用填補你造成的損失，而不會有什么懲罰性的賠償。再說，這個東西有沒有申請專利，你去專利局查查就知道了，所有申請了的專利技術都是公開公示的，如果專利局沒有，你就放心的用。

軟件不存在專利，這是著作權
著作權屬于誰，看你們的合同有沒有明確了，如果沒有明確那就扯不清

首先，單軟件系統不能夠申請發明專利。可以申請軟件著作權。其次，一般這種涉及到甲乙雙方合作開發的你們，在開發之前一定要簽訂軟件合作開發協議。假設你們沒有約定過，甲方搶先注冊，這就有可能會涉及到后續的法律問題。要以人民法院的判決為準。并不是說甲方搶先注冊就一定會具備主動權。要看誰的證據更有力。

以知識產權托管工作發展的不同階段、服務對象和服務提供者的不同構成將知識產權托管分為小、中、大三種類型。
1、小托管：
小托管是存在個別企業與具有一定知識產權綜合服務能力的中介服務機構之間的，關于知識產權綜合委托管理服務的一種托管服務方式，業務主要局限于個別企業知識產權的獲取、管理、保護、運用方面。
其業務包括：對知識產權戰略與發展進行研究，提供專業方案；協助實施知識產權戰略，逐步實現知識產權資本運營；協助企業開發自主知識產權，培訓企業人員；對知識產權注冊的各項事宜提供建議及注冊，協助完成日常法律事務；完善、監督、落實知識產權的各項管理制度；監測及侵權預警，調整創新方向和內容，對侵權及時進行調查、取證，有效保護企業知識產權；幫助企業實施品牌戰略，培育，協助企業實現名牌的經濟價值等等。
這種知識產權的托管服務的優勢在于，可以直接針對服務對象的實際需求，提供貼身服務；容易使企業在普通事務性層面獲得滿足。其局限在于，受企業意識水平和服務機構服務能力的限制，對企業的提升和引導有限，服務水平參差不齊，除知識產權以外的其他資源的整合運用能力不足。
2、中托管：
中托管是存在于優勢知識產權服務機構或服務機構群與有一定知識產權工作基礎的重點企業或產業群中的一種綜合知識產權委托服務關系。
主要適用于穩步提升服務對象的知識產權管理能力，提升知識產權在企業發展中的重要地位，幫助企業往知識產權高端運用層面扎實過渡。
3、大托管：
大托管是存在于知識產權托管服務聯盟與產業集群、區域重點產業之間的高端知識產權委托服務關系。
具體來講是由政府牽頭，綜合集群政府資源、園區孵化器資源、社會服務資源組成知識產權托管聯盟，面向國家層面或地區重點產業集群提供綜合高端知識產權服務，用于加速提升產業群體的創造能力，應對全球知識產權風險。