1、申請資質證書的單位，向本單位所在地省級環境保護行政主管部門提出申請，填報資質證書申請表，并提交申報材料：

2、省級環境保護部門自受理申請材料之日起20個工作日內進行審查，提出預審意見，對符合條件的，報國家環境保護總局。

3、國家環境保護總局行政審批綜合辦公室受理經省級環保部門初審后的材料；

4、國家環保總局科技司組織專家對企業申報材料進行審查；

5、經過專家審查的企業在國家環保總局網站公示一周；

6、國家環保總局科技司將經公示后的材料提出意見后，報經主管局長審批后辦理公文。

環境污染治理設施運營資質許可管理辦法》已于2011年12月30日由環境保護部部務會議審議通過，現予公布，自2012年8月1日起施行。原國家環境保護總局2004年11月8日公布的《環境污染治理設施運營資質許可管理辦法》(國家環境保護總局令第23號)同時廢止。

針對當前脫硝設施的大規模建設以及污水處理廠污泥、農業廢棄物等有機廢物專業化運營的出現，運營資質類別在原來基礎上增加了有機廢物，并將除塵脫硫改為除塵脫硫脫硝。 

運營資質等級也進行了調整，分為甲級、乙級、臨時資質。新《辦法》對運營資質的等級劃分條件仍然主要考慮反映企業運營能力的企業規模、專業技術能力、運營業績等指標。新《辦法》提高了甲級資質的認定條件，比如注冊資金、專業人員數量、業績規模、檢測化驗能力等。

環境污染治理設施運營資質證書辦理程序：

1、申請資質證書的單位，向本單位所在地省級環境保護行政主管部門提出申請，填報資質證書申請表，并提交申報材料。

2、省級環境保護部門自受理申請材料之日起20個工作日內進行審查，提出預審意見，對符合條件的，報國家環境保護總局。

3、國家環境保護總局行政審批綜合辦公室受理經省級環保部門初審后的材料。

4、國家環保總局科技司組織專家對企業申報材料進行審查。

5、經過專家審查的企業在國家環保總局網站公示一周。

6、國家環保總局科技司將經公示后的材料提出意見后，報經主管局長審批后辦理公文。

擴展資料：

環境污染治理設施運營資質證書辦理所需材料：

1、環境污染治理設施運營資質申請表（一式三份，含電子版），以下材料均提供一份。

2、法人資格證明材料（復印件）。

3、上一年度財務狀況報告或者其他資信證明。

4、技術人員專業資格證書、操作人員污染治理設施運營崗位培訓證書和聘用合同（復印件）。

5、實驗室場所證明（或運營單位與專門檢測機構簽訂有技術合作協議承擔運營單位的檢測任務的，可視為具備實驗室條件）。

6、預防和處理污染事故的方案。

7、規范化運營質量保證體系有關管理制度。

8、環境污染治理設施運營實例，包括運營項目簡介、運營合同、用戶意見、環境保護監測機構出具的設施運行排放情況監測報告。申請臨時資質證書的除外。

9、申請增項和升級的單位，應提交上年度縣級（或地、市）環保部門出具的守法證明。

參考資料來源：中國政府網-如何辦理環境保護設施專門運營單位資質認定？

參考資料來源：百度百科-環境污染治理設施運營資質許可管理辦法

向本單位登記地省級環境保護主管部門提出申請，填寫資質證書申請表，并提交材料。

《環境污染治理設施運營資質許可管理辦法》第八條

【提交材料】 申請環境污染治理設施運營資質的單位，應當向本單位登記地省級環境保護主管部門提出申請，填寫資質證書申請表，并提交下列材料：

（一）企業法人營業執照副本復印件或者事業單位法人證書復印件；

（二）上一年度本單位財務狀況報告或者其他資信證明；

（三）技術人員專業技術資格證書復印件、現場操作人員環境污染治理設施運營崗位培訓證書復印件和聘用合同復印件；

（四）實驗室或者檢驗場所及其檢測能力的證明；

（五）突發環境事件應急預案；

（六）有關規范化運營質量保證體系的證明；

（七）環境污染治理設施運營實例，包括運營項目簡介、委托運營合同、用戶意見、委托運營項目備案表、有資質的單位出具的委托運營合同期間設施運行監測報告；

（八）環境污染治理設施運營資質分級、分類條件要求的其他證明材料。

申請環境污染治理設施運營臨時資質的，可以不提交前款第（七）項規定的材料。

擴展資料：

《環境污染治理設施運營資質許可管理辦法》

第七條

【申請條件】 申請環境污染治理設施運營甲級或者乙級資質的單位，應當符合下列條件：

（一）具有獨立企業法人資格或者事業單位法人資格；

（二）具有規定數量、具備相應專業技術職稱的技術人員，以及運營現場管理人員和現場操作人員；

（三）具有1年以上連續從事環境污染治理設施運營的實踐，且能夠保證設施正常運行；

（四）具備與其運營活動相適應的環境污染治理設施運營資質分類、分級條件規定的其他要求。

申請環境污染治理設施運營臨時資質的單位，應當具備前款第（一）項、第（二）項、第（四）項所列條件。

環境污染治理設施運營資質的具體條件，由國務院環境保護主管部門另行制定。                           

參考資料來源：百度百科-環境污染治理設施運營資質許可管理辦法