軟著申請流程是填寫申請表；提交申請文件；登記機構受理申請；審查；取得登記證書。具體如下：
1、填寫申請表。
在中心網站上，首先進行用戶注冊，然后用戶登陸，在線按要求填寫申請表后，確認、提交并在線打印；
2、提交申請文件。
申請人或代理人按照要求提交紙質登記申請文件；
3、登記機構受理申請。
申請文件符合受理要求的，登記機構在規定的期限內予以受理，并向申請人或代理人發出受理通知書；不符合受理要求的，發放補正通知書。根據計算機軟件登記辦法規定，申請文件存在缺陷的，申請人或代理人應根據補正通知書要求，在 30個工作日內提交補正材料，逾期未補正的，視為撤回申請；
4、審查。
經審查符合相關規定的，予以登記；不符合規定的，發放補正通知書；
5、獲得登記證書。
申請受理之日起30個工作日后，申請人或代理人可登錄中心網站，查閱軟件著作權登記公告。北京地區的申請人或代理人在查閱到所申請軟件的登記公告后，可持受理通知書原件在該軟件登記公告發布3個工作日后，到中心版權登記大廳領取證書。申請人或代理人的聯系地址是外地的，中心將按照申請表中所填寫的地址郵寄證書，請務必在申請表中填寫正確的聯系地址。
【法律依據】《計算機軟件著作權登記辦法》第四條 軟件著作權登記申請人應當是該軟件的著作權人以及通過繼承、受讓或者承受軟件著作權的自然人、法人或者其他組織。軟件著作權合同登記的申請人，應當是軟件著作權專有許可合同或者轉讓合同的當事人。第八條 合作開發的軟件進行著作權登記的，可以由全體著作權人協商確定一名著作權人作為代表辦理。著作權人協商不一致的，任何著作權人均可在不損害其他著作權人利益的前提下申請登記，但應當注明其他著作權人。

軟件著作權登記申請所需材料
1.按照要求填寫的計算機軟件著作權申請表
2.申請者身份證明(復印件)
(1)法人或其他組織身份證明——企業法人：營業執照副本。事業法人:事業法人代碼證書。
(2)自然人身份證明——中國公民居民身份證復印件或其他證明復印件。外國個人需提交護照復印件或個人身份證明。
(3)代理人身份證明。軟件著作權人委托代理人代為辦理軟件著作權登記申請的，應提交授權委托書。
3.鑒別材料
(1)源程序(使用計算機語言編寫的指令或者語句序列)按前、后各連續30頁，共60頁(不足60頁全部提交)。源程序每頁不少于50行(結束頁除外)，右上角標注頁號1-60。
(2)文檔(如:用戶手冊、設計說明書、使用說明書等任選一種)按前、后各連續30頁，共60頁(不足60頁全部提交)。每頁不少于30行(結束頁除外)，右上角標注頁號1-60。
4.其他軟件權屬證明文件軟件權屬證明委托開發：——合作開發：合同書或協議書。軟件委托開發協議或合同書。下達任務開發：下達任務開發軟件任務書。利用他人軟件開發的軟件：許可證明。
【 法律依據 】《計算機軟件著作權登記辦法》第二條為促進我國軟件產業發展，增強我國信息產業的創新能力和競爭能力，國家著作權行政管理部門鼓勵軟件登記，并對登記的軟件予以重點保護。

第一步是填表，需要在中國版權保護中心的網站填寫計算機軟件著作權登記的申請表，申請表填寫完成后會生成受理號，您需要將申請表打印出來，并蓋章或者簽字。
第二步是提交書面材料，需要向中國版權保護中心提交申請文件，申請文件包括：蓋章的申請表、申請人的主體資格證明資料、計算機軟件源代碼的前30頁和后30頁如果不足60頁的，應當全部提交以及權屬證明材料。
第三步是受理，著作權登記文件初步審查通過后，版權保護中心會受理，根據目前的政策，國家是免收計算機軟件著作權登記的費用的。
第四部是審查，版權保護中心會根據《計算機軟件保護條例》和《計算機軟件著作權登記辦法》的規定進行審查，審查通過的，予以登記;不符合規定的，發放補正通知。
第五步是領取證書，審查通過后大概需要30到60日的時間，您就可以領取著作權登記證書。
法律依據：《中華人民共和國著作權法》 第七條 國家著作權主管部門負責全國的著作權管理工作；縣級以上地方主管著作權的部門負責本行政區域的著作權管理工作。