1、辦理流程填寫申請表→提交申請文件→登記機構受理申請→審查→取得登記證書注釋：如已登記軟件的著作權發生繼受(受讓、承受或繼承)，權利繼受方辦理著作權登記時需先做軟件著作權登記概況查詢。(查詢申請表需到中國版權保護中心網站填報)
2、填寫申請表在中心網站上，首先進行用戶注冊，然后用戶登陸，在線按要求填寫申請表后，確認、提交并在線打印。
3、提交申請文件申請人或代理人按照要求提交紙質登記申請文件。
4、登記機構受理申請申請文件符合受理要求的，登記機構在規定的期限內予以受理，并向申請人或代理人發出受理通知書;不符合受理要求的，發放補正通知書。根據計算機軟件登記辦法規定，申請文件存在缺陷的，申請人或代理人應根據補正通知書要求，在30個工作日內提交補正材料，逾期未補正的，視為撤回申請;符合《計算機軟件著作權登記辦法》第二十一條有關規定的，登記機構將不予登記并書面通知申請人或代理人。
5、審查經審查符合《計算機軟件保護條例》和《計算機軟件著作權登記辦法》規定的，予以登記;不符合規定的，發放補正通知書。根據《計算機軟件登記辦法》規定，申請文件存在缺陷的，申請人或代理人應根據補正通知書要求，在30個工作日內提交補正材料，逾期未補正的，視為撤回申請;符合《計算機軟件著作權登記辦法》第二十一條有關規定的，登記機構將不予登記并書面通知申請人或代理人。
6、獲得登記證書申請受理之日起30個工作日后，申請人或代理人可登錄我中心網站，查閱軟件著作權登記公告。北京地區的申請人或代理人在查閱到所申請軟件的登記公告后，可持受理通知書原件在該軟件登記公告發布3個工作日后，到我中心版權登記大廳領取證書。申請人或代理人的聯系地址是外地的，我中心將按照申請表中所填寫的地址郵寄證書，請務必在申請表中填寫正確的聯系地址。

如下：填寫申請表--→提交申請文件--→繳納申請費--→登記機構受理申請--→補正申請文件(非必須程序)--→取得登記證書。1、填寫申請表：進入“計算機著作權網上辦公系統”，注冊用戶，登錄后填寫相關資料，提交申請表并打印。2、提交申請文件：軟件著作權申請人或代理人按照要求提交登記申請文件。3、繳納申請費：軟件著作權申請人或代理人按照通知要求繳納費用，計算機軟件著作權登記費200元/件次，計算機軟件著作權證書費10元。4、登記機構受理申請：計算機軟件著作權申請文件符合受理要求并繳納申請費的，登記機構在規定的期限內予以受理，并向申請人或代理人發出受理通知書及繳費票據。5、補正程序：自發出補正通知之日起，30個工作日提交補正材料，逾期未補正的，視為撤回申請;經補正仍不符合《計算機軟件著作權登記辦法》第二十一條有關規定的，登記機構將不予登記并書面通知申請人或代理人。6、獲得計算機軟件著作權登記證書：計算機軟件著作權登記申請受理之日起30個工作日后，軟件著作權申請人或代理人可登錄中國版權保護中心網站，查閱軟件著作權登記公告。持受理通知書原件在該軟件登記公告發布3個工作日后，到中國版權保護中心版權登記大廳領取證書。      二、申請計算機軟件著作權需要提交的申請材料有    ：1、在線打印的《計算機軟件著作權登記申請表》;2、軟件的鑒別材料。包括程序和文檔的鑒別材料，程序和文檔的鑒別材料應當由源程序和任何一種文檔前、后各連續30頁組成。整個程序和文檔不到60頁的，應當提交整個源程序和文檔。除特定情況外，程序每頁不少于50行，文檔每頁不少于30行;3、申請者身份證明。個人申請的須提供身份證復印件;法人及其他組織申請的須提供營業執照復印件等證明文件;4、軟件登記所需相關的證明文件。(1)自然人、法人或者其他組織的身份證明;(2)有著作權歸屬書面合同或者項目任務書的，應當提交合同或者項目任務書;(3)經原軟件著作權人許可，在原有軟件上開發的軟件，應提交原著作權人的許可證明;(4)權利繼承人、受讓人或者承受人，提交權利繼承、受讓或者承受的證明。5、中國版權保護中心要求需要說明或解釋的其他材料。計算機軟件的著作權登記程序雖然復雜，可是是值得登記的，因為企業或者著作權的登記能夠對一個計算機軟件制作單位或者申請人起到至關重要的作用，而計算機軟件的著作權登記嚴格的流程也能夠彰顯國家對知識的重視。所以，雖然計算機軟件著作權登記申請流程雖然十分麻煩，但也值得。